En Silicio

Vía ALT1040, he localizado un reportaje especial de Technology Review (una publicación del mit) sobre las 10 tecnologías emergentes más importantes de este año.Según esta lista, las 10 tecnologías a las que prestar más atención en el futuro inmediato son:

• Epigenetics
• Cognitive Radio
• Nuclear Reprogramming
• Diffusion Tensor Imaging
• Universal Authentication
• Nanobiomechanics
• Nanomedicine
• Pervasive Wireless
• Stretchable Silicon
• Comparative Interactomics

Todas son muy interesantes, o al menos lo parecen, pero lo que más me ha llamado la atención es que la última me sonaba familiar. He leído por encima el artículo sobre Comparative Interactomics, que se centra en el trabajo de un tal Trey Ideker, pero añade cuatro referencias. Una de estas es: Bernhard Palsson — Metabolic networks, University of California, San Diego. En mi del.icio.us hay algunos enlaces relacionados con Metabolic networks y Systems Biology, y entre ellos, la página web de Palsson. Su grupo, de la universidad de San Diego es uno de los más destacados del mundo en el área, sino el más importante.

[kikollan-related] Efectivamente, aunque sea en forma relativa, el árticulo esta relacionado con el área donde he centrado mi modesta investigación en los últimos meses.La verdad es que me he quedado bastante a cuadros… pero me ha hecho ilusión. [/kikollan]

Pero volvamos al artículo…, el termino Interactomics se refiere a lo siguiente:

Every cell hosts a vast array of interactions among genes, RNA, metabolites, and proteins. The impossibly complex map of all these interactions is, in the language of systems biology, the interactome.

O sea, a la interacción entre los elementos que participan del comportamiento de una célula. Esta idea subyace bajo el termino Systems Biology y hace referencia al hecho de estudiar los procesos biológicos (como el comportamiento celular) a nivel de sistema. La biología tradicional se centraba en el estudio de los sistemas biológicos a través de la suma de las partes: cada elemento con sus propiedades y comportamiento, y el sistema completo como la conjunción de los mismos. Evidentemente esta aproximación no es 100% satisfactoria, de ahí que la disciplina conocida como Systems Biology persiga el siguiente objetivo:

By studying the relationships and interactions between various parts of a biological system it is hoped that eventually an understandable model of the whole system can be developed (vía wikipedia)

Este interés por un estudio de la biología a nivel de sistema permite a no-biólogos (físicos, matemáticos e ingenieros) asomarse por aquí. Por ejemplo, Trey Ideker, el protagonista del artículo (cuya edad obviaré para evitarnos traumas) is a molecular biotechnologist by way of electrical engineering.

Continuamos… el término Comparative se refiere a que:

Ideker’s lab is one of the few that has begun hunting for similarities and differences between the protein-protein interactions of widely different creatures.

Con su trabajo detectaron lo siguiente:

it had aggregated in one database all the available protein-protein interactomes of yeast, the fruit fly, the nematode worm, and the malaria-causing parasite Plasmodium falciparum. It turns out that the interactomes of yeast, fly, and worm include interactions called protein complexes that have some similarities between them. This conservation across species indicates that the interactions may serve some vital purpose. But Plasmodium, oddly, shares no protein complexes with worm or fly and only three with yeast… Ideker and his team concluded that Plasmodium probably just had a somewhat different interactome.

¿Y donde esta su éxito?

For pharmaceutical makers, the discovery of unique biological pathways, such as those found in the malaria parasite, suggests new drug targets. Theoretically, a drug that can interrupt such a pathway will have limited, if any, impact on circuits in human cells, reducing the likelihood of toxic side effects.

Enlaces relacionados:

• Artículo, El articulo de Nature donde se publicaron los resultados sobre Comparative Interactomics.
• Systems biology 101—what you need to know, artículo introductorio sobre Systems biology de Idekey.
• A new Approach to decoding life: Systems Biology, un texto más exhaustivo sobre Systemes Biology (36 páginas)
• Aquí, más articulos de Ideker (vía google scholar).
• Trey Ideker, su propia web.
• Palsson y su grupo, Web de uno de los lideres del área.
• Symposium on Systems Biology, congreso internacional en Murcia (1 y 2 de junio)
• Metabolic networks, más información vía wikipedia.
• Systems Biology, más información vía wikipedia.
• Bionformatics, más información via wikipedia.

Etiquetas: ideker, interactomics, palsson, technology review